Le non perfette condizioni dell’edificio delle Scuderie Papali e la necessità di rendere lo spazio idoneo alla sua nuova funzione, hanno reso indispensabile un significativo lavoro di restauro. L’intervento, progettato dall’architetto Gae Aulenti e diretto dalla Soprintendenza per i beni architettonici e ambientali di Roma, ha consentito di recuperare un’opera architettonica di straordinaria posizione urbana e di valorizzare spazi che per prestigio e dimensioni costituiscono un luogo espositivo di ineguagliabile valore.
L’iniziativa che ha portato al restauro integrale dell’edificio risale al 20 febbraio 1997, data in cui la Presidenza della Repubblica concede in uso al Comune di Roma le Scuderie. Il 10 luglio dello stesso anno il Comune affida all’Agenzia per il Giubileo l’utilizzo e la gestione dell’edificio settecentesco. Dopo due anni e mezzo di lavori, il 21 dicembre 1999, alla presenza del Presidente della Repubblica Carlo Azeglio Ciampi, si inaugura la nuova sede espositiva con una mostra sui capolavori dell’Ermitage.